MinGW日本版プロジェクト での修正に、
for (s = str, w = *unicode; *s != 0 || *(s + 1) != 0; s += 2)
{
*w++ = (((unsigned short) *s) << 8) + ((unsigned short) *(s + 1));
}
というのがありました（一部省略）。w は呼出し側に戻す unsigned short *型, s は EUC からUCS-2に変換した文字列 unsigned char *。アドレスの若い方を上位に持っていっているのだから、BE が正解ですねぇ。
疑ってしまった iconv に申し分けない……。