いろいろとハマった。
ps プリンタは Adobe のものを使用。PPDファイルは Distiller のもの。プリンタの設定のフォント代替表で『＠ＭＳ 明朝』をリュウミンにわりあてられていると、word の縦書きを変換したときに、うまく pdf 化できない（おそらく、＠ＭＳ ゴシックも同じはず）。他の設定としては、TrueType フォント：『デバイスフォントと代替』、TrueType フォントダウンロードオプション：『アウトライン』。
そして、この状態で PS 化したファイルを ps2pdf13 を使用し pdf 化する。ghostscript はもちろん、山田泰司さんのパッチ を当てたものと、ghostscript-7.07b/src/gdevpdff.c の
- private const bool MAKE_FONT_NAMES_UNIQUE = true; + private const bool MAKE_FONT_NAMES_UNIQUE = false;
と書き換えコンパイルする。これにより pdf を閲覧したときに『Times-Roman~10 が見つからないか作成できません』というメッセージが出なくなる。しかし、これが正しい修正法かは不明。
CID フォント、今なら和田研フォントをダウンロードし、日本語の NeverEmbed を実現させる。
これで、概ね小さく変換エラーにならないPDFを作成することができた。